再力花叶绿体基因组特征和系统发育分析

	再力花叶绿体基因组特征和系统发育分析
	张文达 1,2; 赵逸伦 3; 王湘雨 2; 陈光旻 2; 陈凌云 2; 赵淑颖 1
	2024-04-03
发表期刊	分子植物育种
ISSN	1672-416X
摘要	再力花(Thalia dealbata Fraser)是一种新兴的湿地水生园艺植物，具有水体净化、观赏，药用等价值。为研究再力花(T. dealbata)的叶绿体基因组，本论文以再力花绿色叶片为材料，利用第三代测序平台PacBio对再力花进行测序，组装和注释了其完整叶绿体基因组。结果表明，再力花的叶绿体基因组呈环状四分体结构，长度为173 902 bp，包括一个大单拷贝区(LSC， 96 959 bp)、一个小单拷贝区(SSC， 22 635 bp)和一对反向重复区(IRa和IRb， 27 154 bp)，总GC含量为34.97%。再力花叶绿体基因组共编码123个基因，包含81个编码蛋白基因、36个编码tRNA基因和6个编码rRNA基因；鉴定出75个简单重复序列(SSRs)，421串联重复序列和49个散在重复序列。密码子偏好性分析表明，再力花叶绿体偏好使用以A/U结尾的密码子。竹芋科(Marantaceae)内物种的叶绿体基因组序列比较分析表明，再力花叶绿体LSC与SSC区显著扩张，rps18-rpl20， rpl22-rps19， ndhE-psaC等27个基因间区序列以及trnM-CAU， rps12， matK等12个共有基因序列在再力花叶绿体中表现出高核苷酸多态性变异。系统发育分析表明，再力花与柊叶(Phrynium rheedei Suresh & Nicolson)的亲缘关系较近，竹芋科与美人蕉科互为姊妹科。本研究为再力花的分子遗传标记，叶绿体基因工程研究和系统发育关系研究提供了参考。
关键词	再力花叶绿体基因组重复序列密码子偏好性系统发育关系
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收录类别	北大核心
语种	中文
资助项目	国家自然科学青年科学基金(31500192);国家自然科学面上项目基金(32370242)共同资助;
原始文献类型	学术期刊
文献类型	期刊论文
条目标识符	http://ir.library.ouchn.edu.cn/handle/39V7QQFX/169331
专题	国家开放大学江苏分部
通讯作者	赵淑颖
作者单位	1.江苏开放大学环境生态学院; 2.中国药科大学中药学院; 3.密歇根大学安娜堡分校环境与可持续发展学院
第一作者单位	国家开放大学江苏分部
通讯作者单位	国家开放大学江苏分部
第一作者的第一单位	国家开放大学江苏分部
推荐引用方式 GB/T 7714	张文达,赵逸伦,王湘雨,等. 再力花叶绿体基因组特征和系统发育分析[J]. 分子植物育种,2024.
APA	张文达,赵逸伦,王湘雨,陈光旻,陈凌云,&赵淑颖.(2024).再力花叶绿体基因组特征和系统发育分析.分子植物育种.
MLA	张文达,et al."再力花叶绿体基因组特征和系统发育分析".分子植物育种 (2024).